Kasus percobaan pembunuhan terhadap Gubernur membawa Conan dan Kogoro ke sebuah desa yang dipindahkan karena pembangunan bendungan. Rahasia apa gerangan yang tersimpan di desa itu?
Conan mengejar dua kasus sekaligus. Kasus pembunuhan berantai, dan yang lebih berbahaya lagi adalah anggota organisasi yang telah menyusup hingga dalam kepolisian mulai mengendus identitas Conan.